Eine Kanalkonfiguration teilt BrainAssistant mit, welche Elektrode an welchem Eingang des Verstärkers angeschlossen ist und wie die Kanäle referenziert werden.
Gewählt wird sie beim Start einer Sitzung im Schritt Kanalkonfiguration (Channel Configuration), der Auswahl von Kappe oder Mapping; dort lassen sich auch eigene Konfigurationen erstellen, duplizieren, bearbeiten und exportieren, siehe Trainingssitzung.